بر اساس اعلام موسسه استنادی علوم (ISC) و پایش علم و فناوری، در رتبه‌بندی سال ۲۰۲۱ نظام لایدن، تعداد ۳۶ دانشگاه از ایران در جمع ۱۲۲۵ دانشگاه برتر جهان قرار گرفتند. ایران با این تعداد حضور دانشگاه در بین کشورهای اسلامی رتبه نخست، ترکیه با ۳۲ دانشگاه رتبه دوم و مصر با ۸ دانشگاه رتبه سوم را دارد.

لایدن یکی از نظام های معتبر ارزیابی دانشگاهی است که هر ساله دانشگاه‌های برتر جهان را بر اساس شاخص های معتبر علم سنجی مورد ارزیابی و رتبه بندی قرار می دهد. در سال ۲۰۲۱، دانشگاه های جهان در ۲۰ شاخص در قالب ۴ معیار کلی مرجعیت علمی (Scientific Impact)، دیپلماسی علمی، دسترسی آزاد به انتشارات و تنوع جنسیتی در لایدن مورد رتبه بندی قرار گرفتند. این ارزیابی‌ها از تولیدات علمی دانشگاه ها در سال های ۲۰۱۶ الی ۲۰۱۹ از پایگاه اطلاعاتی Web of Science استفاده کرده است.

معیار مرجعیت علمی (تاثیر علمی) از شاخص‌هایی چون مقالات یک درصد برتر، مقالات پنج درصد برتر، مقالات ۱۰ درصد برتر و مقالات ۵۰ درصد برتر بهره گرفته است. در معیار دیپلماسی علمی از شاخص هایی چون همکاری علمی، همکاری بین المللی، همکاری صنعتی، همکاری علمی با فاصله جغرافیایی کمتر از ۱۰۰ کیلومتر و همکاری علمی با فاصله جغرافیایی بیشتر از ۵۰۰۰ کیلومتر استفاده کرده است.

معیار دسترسی آزاد به انتشارات نیز از شاخص­‌های انتشارات دسترسی آزاد، تعداد انتشارات دسترسی آزاد طلایی، انتشارات دسترسی آزاد هیبرید، انتشارات دسترسی آزاد برنز، انتشارت دسترسی آزاد سبز تشکیل می­‌شود.

معیار تنوع جنسیتی نیز شامل شاخص‌­های همکاری با نویسندگانی که جنسیت آنها مشخص نیست، نویسندگان مرد (به نسبت کل نویسندگان)، نویسندگان زن (به نسبت کل نویسندگان)، نویسندگان مرد (به نسبت تمام نویسندگان مرد و زن)، نویسندگان زن (به نسبت تمام نویسندگان مرد و زن) است.

بر اساس آخرین گزارش لایدن، دانشگاه تربیت مدرس در معیار مرجعیت علمی از رتبه جهانی ۳۴۶ در سال ۲۰۲۰ به رتبه جهانی ۳۳۳ در سال ۲۰۲۱ ارتقاء یافته است و پس از دانشگاههای تهران، علوم پزشکی تهران و امیرکبیر در جایگاه چهارم کشوری قرار دارد. دانشگاه تربیت مدرس در معیار های دیپلماسی علمی و دسترسی آزاد از رتبه ۴۳۳ در سال ۲۰۲۰ به رتبه ۴۱۲ در سال ۲۰۲۱ رسیده است و در بین دانشگاه‌های کشور دارای رتبه سوم است. رتبه جهانی دانشگاه در معیار تنوع جنسیتی نیز ارتقا یافته و از ۴۱۸ به ۴۰۹ رسیده است.

نظام رتبه بندی لایدن بر خلاف سایر نظام های رتبه بندی موجود در سطح دنیا، برای دانشگاه های حاضر در نظام خود رتبه‌ای واحد محاسبه نمی‌کند بلکه دانشگاه‌ها در کلیه معیارها و شاخص های موجود در نظام لایدن مورد رتبه بندی قرار می گیرند. از این رو، یکی از ویژگی‌های رتبه بندی لایدن این است که لایدن به دانشگاه‌های حاضر در رتبه بندی خود، رتبه کل که برگرفته از تاثیر کلیه شاخص‌ها و وزن های مرتبط با آن ها است، اختصاص نمی‌دهد، بلکه لایدن برای کلیه دانشگاه ها در این شاخص ها نمرات و رتبه ها را جداگانه محاسبه و منتشر می کند.

گفتنی است در سال ۲۰۲۱، دانشگاه‌های تهران، علوم پزشکی تهران، صنعتی امیرکبیر، تربیت مدرس، صنعتی شریف، علم و صنعت ایران، اصفهان، فردوسی مشهد، شیراز، علوم پزشکی شهید بهشتی، تبریز، شهید بهشتی، علوم پزشکی تبریز، آزاد اسلامی واحد علوم و تحقیقات تهران، علوم پزشکی مشهد، صنعتی خواجه نصیرالدین طوسی، علوم پزشکی شیراز، گیلان، کاشان، اصفهان، علوم پزشکی ایران، سمنان، علوم پزشکی اصفهان، شهید باهنر کرمان، ارومیه، رازی، پیام نور، بوعلی سینا، صنعتی نوشیروانی بابل، شاهرود، صنعتی مالک اشتر، شهید چمران اهواز، صنعتی سهند، زنجان، مازندران و دانشگاه یزد در رتبه بندی لایدن حضور دارند. درمجموع در رتبه بندی ۲۰۲۱ لایدن، اغلب دانشگاه‌های کشور ارتقای جایگاه نسبت به سال ۲۰۲۰ داشته اند.